Uue Eesti keskaja käsitluse ümber puhkenud kired tulenevad osalt sellest, et paljudele ei ole kohale jõudnud teaduse mõte sellises ülikoolisüsteemis, millele riik ei saa ette kirjutada järelduste sisu ja iseloomu. Teadus peaks mõnede meelest olema justkui instrument mingi ideoloogia või huvigrupi heaolu ja enesehinnangu edendamiseks. Huvitaval kombel selgub tihti asjaolu, et objektiivsusest ja ajaloolisest erapooletusest rääkivad teadlased ise on kallutatud mingist konkreetsest ideoloogiast.