Kogu maailma kihama pannud Arctic Sea kaaperdamise uurimise algusest peale on üks huvitavamaid küsimusi: kus asus laev hetkel, kui selle pardale ilmusid nn piraadid? Euroopa seadused (sealhulgas Eesti omad) nimetavad piraatluseks üksnes laeva hõivamist avamerel, neutraalvetes.
Piraadid ise on kangekaelselt kinnitanud, et läksid laevale Rootsi territoriaalvetes. See tähendab, et asja oleksid pidanud uurima rootslased, mitte venelased. Seda, et laev kaaperdati Rootsi vetes, tunnistas algul uudistes ka Vene Föderatsiooni prokuratuuri juures tegutsev uurimiskomitee. Hiljem hakkas Venemaa aga kinnitama, et asi juhtus neutraalvetes ja seega tuleb rakendada piraatluse paragrahvi.