Linnaosa kujunemise algust on hõlbus määratleda, ent keerulisem on vastata, millal tuli kasutusele kohanimi Pelgulinn.
Mõistet «pelgulinn» kohtab juba 4. Moosese ja Joosua raamatus. Vana Testamendi järgi oli see koht, kus võis ettekavatsemata mõrva või muu kuriteo sooritanud isik varjata ennast kuni kohtuni või kuritöö aegumiseni kättemaksu eest.
Teiselt poolt olid linnad õhtumaal alati olnud kohad, kus pagenud inimene võis varjupaika leida. Ütlus, et linnaõhk teeb vabaks, pole meilegi võõras. Tallinna eripära oli veel see, et siin asus kuni 1878. aastani teineteise kõrval kaks linna, s.o Toompea ning Tallinna all-linn. Kummaski oli oma saras (kogukonna ühine maavaldus toim) ja kehtisid oma seadused.
Kuna aeg-ajalt olid suhted linnade vahel pingelised, pole välistatud, et mõni Toompeal või selle sarases kuritöö korda saatnud isik võis ennast võimude eest varjata praegustel Pelgulinna aladel. Raske on juhuseks pidada sedagi, et Pelgulinna vahetus naabruses, Toompea eeslinna maadel tekkis Kelmiküla nime kandev linnaosa.
Uurijad on oletanud, et siin võisid ennast varjata need, kes Tallinnas või selle sarases kelmuse või mõne muu kuriteo korda saatnud. Kui see hüpotees paika peab, võis Pelgulinna nimi olla kasutusel juba ammu enne linnaosa tekkimist.
Teiseks võib kõne alla tulla Pelgulinna nime seostamine pelgupaigaga. Et meie maa oli sageli naaberriikide röövkäikude tallermaa, olevat rahvasuu andmeil üle kogu Eesti kümneid erineva nimega pelgukohti.