Eesti Ametiühingute Keskliit (EAKL) pooldab töövaidluskomisjonide asemele sõltumatu töökohtu loomist, mis lahendaks töövaidlusi kiiresti, odavalt ja lihtsustatud menetlusnormidega. Töövaidluskomisjonide kaotamist soovitab ka Tartu Ülikooli õigusteaduskond.
Sotsiaalministeeriumi töövaidluse lahendamise seaduse eelnõu seletuskirja järgi ei lahenda töövaidluskomisjoni tööõnnetustest ja kutsehaigustest tingitud kahjude vaidlusi seetõttu, et kahju iseloomu ning vaidluse keerukuse ja pikaajalisuse tõttu ei ole võimalik selliseid vaidlusi kiirelt ja lihtsustatud korras lahendada.