Kuna Naissaare sadam asub saare lõunaosas, muuseumile sobiv patarei aga põhjatipus, on muuseumiprojekti osa ka kitsarööpmelise raudtee taastamine. Vanasti viisid raudteerööpad lausa sadamakaile, kuid kai korrastamise ajal võeti need sealt maha. Meremuuseumi direktori Urmas Dreseni sõnul pole seal raudteed taastada aga kuigi keeruline. «Meie mõte on see, et inimesed tulevad laevaga Naissaarele ja saavad siit raudteed pidi saare põhjaotsa. Viimsi Rannarahva Muuseum on hoidnud olemasolevat raudteed ja seda ka remontinud. Aga suur tükk tööd on veel teha, et rongiühendus oleks võimalik otse sadamast,» ütles Dresen.
